HLA Database HELP

対応ブラウザー

このデータベースはWindows IE 6.0以上, Safari 3.1 以上, と Firefox 2.0 以上をサポートしています。

データベースversion、その他

Study_detailsに何も記述していないときは、Human Genomeはhg18を、SNPはdbSNP 130を使用しています。 アリルはチップメーカーの定義に従っていますので、strandがrs番号と逆向きの時がありますので、 お気を付けください。
Study_detailsに何も記述していないときは、χ2乗検定は、fisher exact test を利用しています。Hardy-Weinberg 平衡検定は、asymptotic test を使っています。

copy number variationは http://projects.tcag.ca/ のデータを利用しています。
Microsatellite のデータは http://www.microsatellites.org/db_search.phpを利用しています。

問い合わせ先

質問、ご要望等がある方はgwas at_mark biosciencedbc dot jpまでお願いいたします。

動画による使い方の説明

http://togotv.dbcls.jp/20100928.html#p01

使い方の説明とデータのダウンロードについて

"Genome Browser (GBrowse)"は、UCSCやEnsembleなどのデータを同時に表示するためのDAS (Distributed annotation system)です。通常は、"Browse GWAS results from disease name list"をお使いください。
DASのentry pointは http://gwas.biosciencedbc.jp/cgi-bin/das/dsnです。
遺伝子型、アリルの頻度データ、遺伝統計値のダウンロードは、"Browse GWAS results from disease name list"から個々のstudyに入って行ってください。但し、web上で簡単な登録が必要になります。生データ等のご利用につきましては、 http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.htmlをご一読いただきまして、申請書類の提出をお願いいたします。