CNV Control Database HELP


対応ブラウザー
このデータベースはWindows IE 6.0以上, Safari 3.1 以上, と Firefox 2.0 以上をサポートしています。

問い合わせ先
質問、ご要望等がある方はgwas at_mark biosciencedbc.jpまでお願いいたします。

使用している計算方法
Affy6_norm_bird:affy6.0で BirdSuite (Korn et al, nature genetics, 2009)を利用して計算した結果
Affy6_norm_DNAcopy:DNAcopy (Venkatraman and Olshen, Bioinfomatics, 2007) R版で計算した結果
Affy6_norm_CGHseg: CGHseg (Picard, et al., BMC Bioinformatics, 2005) R版で計算した結果
Affy_norm_PennCNV:PennCNV (Wang, et al., Genome Research 2007) で計算した結果
DNAcopy とCGHsegでは、最初にQuantile normalizationを行っています。

"With clustering”: Clusteringでは、start, endが10probe以内, かつ0.1Mbにある場合は同一のCNVとみなして同じクラスターにしています。

動画による使い方の説明
http://togotv.dbcls.jp/20101007.html

"Genome Browser (GBrowse)"は、DAS (distributed annotation system)として、UCSCやEnsembleのデータを同時に描画するために用意されているブラウザーです。 通常は、"Browse whole genome (study list)" をお使いください。

DASのentry pointは http://gwas.biosciencedbc.jp/cgi-bin/das/dsnです。